隨著如今技術發展，內鏡器械已經從過去單純的檢查設備成為診治一體的重要器械，同時這類器械也存在造價高、結構精細、部分構件不能承受高溫、高壓等特點，給使用后的再處理帶來一定困難。消毒不徹底將帶來一定的使用交叉感染隱患，因此內鏡清洗中心內對所存在的內鏡再處理的問題需要加以重視并及時做改進。

2004年我國衛生部公布了《軟式內鏡清洗消毒技術規范》，國家衛計委2016年又發布了新的《軟式內鏡清洗消毒技術規范》，各單位應該按規范實施。內鏡清洗中心內消化內鏡再處理存在的問題，常見的有：工作人員對內鏡院內感染控制工作的認識不足、清洗不徹底、消毒不規范、個人防護沒做好等。

消化內鏡是需要重復使用，使用過程中侵入人體的器械，做好其再處理是預防交叉感染的重要措施，而也有部分醫務人員對醫院感染控制工作重要性認識不夠，認為這種事發生的概率很小，使日常工作態度出現問題。而也正是因為這樣的態度才使得感染的風險加大了；其實是清洗的徹底性，內鏡器械進入內鏡清洗中心，需要做到單向流動，并且每一個清洗細節都要做到位。但是另一方面，如今內鏡的使用范圍加大，使用內診做診療的患者也增多，再加上一些醫院內鏡配置少，這就使得容易出現周轉不良的情況，清洗時一些操作不到位，如初洗時管道刷洗不合格，如清洗后注氣排水時間不足，如內鏡未擦干水分就放入消毒液中導致消毒液被稀釋等等；內鏡器械清洗可以采用全自動內鏡清洗消毒機，解決了消毒不徹底性問題的同時也降低了工作人員的操作難度，但是對于內鏡清洗設備的使用和操作也是應該按規范進行的，否則與傳統的清洗消毒一樣同樣可能出現消毒不規范的問題；還有就是工作人員的防護問題，一些內鏡清洗工作人員未按要求佩戴防護眼鏡、面罩等就進行內鏡清洗消毒工作，對消毒過程中存在的危險性認識不足。