內鏡自動清洗消毒機采用不同的消毒方法實現的內鏡清洗效果是不同的，內鏡是一種臨床常見且需重復性使用的診斷、手術用器械，根據不同類型及不同科室的使用情況做好內鏡清潔及消毒有利于保證患者健康，該措施更是減少院內感染的重要途徑。內鏡器械清洗有專門的內鏡自動清洗消毒機，但是可使用的消毒液類型卻有多種選擇，如過氧乙酸、戊二醛、二氧化氯等都是常見的，其中戊二醛還是國際公認的消毒劑類型。正常來說根據清洗設備的說明要求及不同類型消毒液使用標準進行使用即可，但是為保證內鏡器械的清洗、消毒/滅菌效果各種消毒方法存在的問題還是需要進行研究了解的。

如以上所說，即使內鏡自動清洗消毒機的使用更大程度地保證了內鏡清洗的效果，降低了內鏡清洗中心工作人員的勞動強度。但是目前內鏡消毒方法較多,各有其特點，但也普遍存在各種問題，如消毒時間過長，與使用率不匹配等問題，而醫院為了滿足內鏡周轉問題又可能會在清洗流程方面做簡化，導致清洗時間符合率下降,效果不達標，這將造成非常大的感染幾率。內鏡自動清洗消毒機的工作流程包含清洗（采用清水）、消毒（采用消毒劑）、再清洗（采用無菌水）、干燥等，而如以上說的，采用不同消毒劑造成的清洗消毒效果可能出現差異。

內鏡自動清洗消毒機采用氧乙酸、戊二醛、二氧化氯做消毒劑，其中戊二醛雖然是國際工人的內鏡消毒劑，但是其也存在作用時間過長的問題，同時不同消毒機的工作原理也是不同的，有的設備能夠采用霧化法將消毒劑霧化蒸汽充到內鏡管腔內起到消毒效果，但是經過循環消毒周期后二醛汽霧濃度會降低，且消毒劑的霧氣也可能會散發到空氣中，對工作人員造成傷害。采用沖洗方式工作的內鏡自動清洗消毒機雖然清洗效果要好于霧化法，但是如采用戊二醛消毒10min的標準仍需要增加一定的保險系數。采用不同制劑過氧乙酸做消毒劑，其雖然能夠做到良好的清洗消毒效果，但是也具有強烈的腐蝕性，對于軟式內鏡器械可能帶來一定傷害。