降低消化內鏡的污染程度可以讓內鏡自動清洗消毒機對器械的清洗、消毒/滅菌更徹底，而想要降低污染程度就需要在使用完成后做預處理，軟式消化內鏡管腔結構細長，清洗難度較大，再加上接連爆出的因為清洗不良而導致的患者院內大規模感染問題，讓內鏡再處理的方式方法得到進一步精進。但是，類似的事件依然無法完全避免，這與內鏡自身的結構有關，也與實際的清洗操作相關，其中的典型處理問題就是預處理不到位。

消化內鏡清洗可以采用專門的內鏡自動清洗消毒機，但是想要保證設備清洗效果達標，同樣也要進行預處理，這可以減輕器械的污染程度。每臺內鏡器械都會隨帶《清洗、消毒和滅菌操作手冊》，而內鏡自動清洗消毒機也有專門的使用操作手冊，但是這些還不夠。消化內鏡在使用后表面會留下大量的粘液、血液等污物，對此需要及時做處理，否則其在內鏡表面干涸后就會影響內鏡清洗消毒機的消毒效果，這就是預處理的頭一步。

消化內鏡使用后一般建議使用含有多酶的濕巾進行擦拭，或者自制多酶紗布，其中的多酶清洗液一定要使用低稀釋配比的多酶清洗液，因為多酶原液中含有穩定劑，稀釋比例不合理無法與污染物作用進行酶解。在通過內鏡自動清洗消毒機清潔前，還需要對內鏡的管腔做處理，吸引管腔、鉗道管腔、副送水管腔和水氣管腔等都包含在內，權威的內鏡清洗要求《WS507-2016軟式內鏡清洗消毒技術規范》中對此也有明確規定，但是需要了解，這個規定是低于內鏡清洗中心的清洗規范要求的。如對于胃腸鏡的吸引/鉗子管道要求要吸引水10s以上，對于十二指腸鏡、超聲胃鏡等應該吸引水20s以上，而對內鏡的清洗規范中只要求了“抽吸清洗液直***流入吸引管”，這樣籠統的表述非常容易導致內鏡在預處理中操作不良，進而使內鏡自動清洗消毒機出現清洗、消毒/滅菌不徹底的情況。