進行內鏡自動清洗消毒機滅菌前，內鏡還需要進行手工清洗，雖然清洗流程中設備能提升效率與效果，但是想要內鏡清洗消毒機所用消毒劑和滅菌劑起作用，就要求必須接觸到醫療器械的所有表面，包括管腔，否則內部會出現污染物殘留，阻礙消毒或滅菌。在“手工清洗＋內鏡自動清洗消毒機，避免消化內鏡出現使用感染”內容中我們也已做過相關介紹，手工清洗也應該具備標準化和一致性，否則將影響實際的清洗消毒效果。

       內鏡自動清洗消毒機的工作效果其實也受所清洗的內鏡數量、設備操作、所使用的消毒劑等的選擇影響，一般來說具體使用哪種消毒劑需要根據式內鏡制造商的使用說明來決定。軟式內鏡極其附件如果沒有得到正確的清洗，使用內鏡的患者將可能暴露于來自上一位患者的體液和組織污染物，其中去除有機物質和生物負荷是需要手工清洗的主要目的，是進行內鏡自動清洗消毒機清洗消毒前的重要步驟。

       軟式內鏡的手工清洗，要求內鏡清洗工作站水池和水槽的尺寸和深度足夠大，允許內鏡完全浸入，清洗過程中應該保證內鏡不會緊密地卷繞以致損壞，此外因為水池和水槽內是充滿清洗劑溶液的，且工作人員會在水槽處工作很長一段時間，所以水槽的適當尺寸和設計也要考慮到工作人員的舒適和平安，也要避免消毒劑揮發會工作人員造成傷害。有分析表示，內鏡中發現的污染成分包括蛋白質、脂肪、碳水化合物以及存在于血液和其他體液中的各種化學鹽，而軟式內鏡自身結構復雜又精密，為了保證清洗消毒效果需要先做手工清洗，其后通過內鏡自動清洗消毒機清洗。