內鏡的清洗與消毒必須遵循清洗清潔、消毒/滅菌、干燥保存、檢測監督的措施清洗的徹底性才能有保證，才能從根本上避免因為內鏡清洗不良而導致的患者院內感染。內窺鏡已經不僅是一種檢查設備，在一些手術中其也起到巨大作用，并且因為施術簡單、創傷小而受到廣泛應用，這使得內鏡在應用中引起的疾病傳播幾率更大。重視內窺鏡器械進入內鏡清洗中心后的清洗消毒與管理有利于減少感染發生。

作為一種使用時需要侵入人體的器械，內鏡自身有具有構造復雜的特點，存在許多管腔、竇道等，再加上不耐高溫、高壓，自身成本造價高而醫院設備少，就容易出現內鏡使用頻率高但清洗不夠徹底、消毒時間不夠等問題，人體流行的各種人類免疫缺陷病毒和乙型肝炎病毒很容易在這種情況下得到傳播，綜合性醫院科室多，患者也多，可能有不同病原體感染等復雜情況，更應該注意交叉感染問題。內窺鏡的類型分很多，腹腔鏡、關節鏡膀胱鏡、纖支鏡、喉鏡、胃鏡、十二指腸鏡小腸鏡、結腸鏡、超聲內鏡等等，使用后需要立即做床旁預處理，而后送入內鏡清洗中心。

一般來說內鏡清洗中心工作的主要工作人員就是忽視和清洗技師，對他們進行嚴格的培訓也有利于內窺鏡清潔、消毒的效果提升。內窺鏡進入內鏡清洗中心做清洗，需要根據器械不同的使用目的而適當調整具體清洗、消毒/滅菌的方式。臨床上根據使用模式不同內鏡其實可以分為三大類，經外科切口進入正常無菌組織的內鏡（如腹腔鏡、關節鏡）、經自然孔道進入相對無菌區并與粘膜接觸的內鏡（如胃鏡、喉鏡）、經污染孔道進入人體正常菌群定植部位的內鏡（如結腸鏡），針對不同的使用目的自然使用后的清洗方式也是不一樣的，進入內鏡清洗中心的腹腔鏡、關節鏡等必須做滅菌處理，胃鏡、喉鏡需要進行高水平的消毒，結腸鏡應消毒后使用。