軟式內鏡在使用后需要先做床旁預處理，而后進入內鏡清洗中心做手工清洗。清洗是去污過程中的重要一部，如不清洗不當則后期消毒也可能不徹底。內鏡自動清洗消毒機是內鏡清洗的首要選擇模式，更具自動化、流程化的清洗模式不會出現步驟遺漏問題，但是設備使用前依然要注意遵照規范進行操作，否則依然可能出現清洗消毒不合格的問題。

內鏡自動清洗消毒機的工作優勢在于，其清洗標準可控，但是軟式內鏡在進入內鏡清洗中心后依然需要進行手動清洗，這對清洗的潔凈程度更有保證，避免因為內鏡自身的復雜的構造因素影響清洗效果。不論采用什么方式清洗，注意清洗前應當將內鏡所有可拆裝的附件拆下清洗，內鏡在清洗中心的單向流動過程中附件與內鏡要放置在一起，如分開清洗容易出現潔凈程度差異，反而導致設備與附件首先出現交叉感染，一同放置與清洗的優勢還在于，如后期真的發生清洗不良或其它問題可以追溯緣由……當然現如今清洗可以使用自動沖洗裝置，該裝置的主要構成為雙泵系統或單泵系統，實際進行手工清洗時可以替代手動注射器沖洗管腔中的清洗劑和水。如果所使用的設備是雙泵系統，兩個泵中的主泵負責沖洗抽吸和送氣送水管道，副泵則用于沖洗輔助水道或抬鉗器管路，但是該裝置使用前需要確保其與軟式內鏡自身的兼容性，也要明確裝置每天需要處理的內鏡數量。

其后的清洗消毒工作就要交由專業的內鏡自動清洗消毒機了，消毒機設備也被稱為自動內鏡再處理器，設備可以做到內鏡的清洗與消毒，消毒需要使用專門的消殺溶液，清洗中消毒溶液進入機體內是通過連接器和試劑桶，避免了傳統內鏡清洗過程中工作人員需要直接接觸消毒劑而造成的安全損害。此外內鏡自動清洗消毒機具有全封閉的清洗艙，與外部相連接的通道都有可充氣膨脹密封圈，可以保證消毒過程中氣味不外泄，同樣也保證了內鏡清洗中心的工人人員免受化學消毒劑傷害。