良好地運用內鏡儲鏡柜是避免內鏡再次受到污染的重要措施，內鏡的清洗，從使用完后的預處理到通過內鏡自動清洗消毒機清洗，再到清洗過程中的手消毒、清洗完成后的干燥等，都是為了盡可能清洗徹底并防止生物膜滋生。而在前期嚴格的清洗消毒措施后如果在設備存儲方面不注意，那么之前的工作自然都是白費了，因而內鏡儲鏡柜的應用也是非常重要的。

        對于內鏡使用后的消毒，《軟式內鏡清洗消毒技術規范》內容里有明確的要求，使用中進入人體阻止內的要進行滅菌，不僅如此人體也不接觸破損皮膚的要做高水平消毒。而滅菌消毒時，診療使用過程中傳播的病原體、細菌生物膜的滋生、內鏡預處理工作不到位、內鏡清洗消毒機使用不良、清洗水質量不佳、內鏡儲鏡柜使用不良等等都是影響軟式內鏡消毒滅菌質量的因素。內鏡清洗消毒不徹底將會讓患者暴露于感染的風險之中，所以在做好相關清洗措施后，內鏡要使用加蓋配套盒轉運，要放置于專門的儲鏡柜中。

        內鏡儲鏡柜工作中，柜內環境應該保持溫度控制在24℃。濕度控制在70%，其次注意保持鏡庫或鏡柜表面的清潔度，保持儲鏡柜內部的清潔需要做消毒，但是消毒不可以通過紫外線或臭氧，雖然兩種因子都具有良好的消殺作用，但是強氧化性會對內鏡儲鏡柜內表面造成氧化傷害。其次對于通過化學浸泡方式滅菌的軟式內鏡，滅菌后要用潔凈過濾的熱空氣徹底干燥內鏡管道，運轉時需要通過無菌袋套裝，存儲時要使用專門的配置清洗框的儲鏡柜避免在存儲過程中再次受污染。