實際上每一個醫院都會有消毒供應室，每當經歷一場手術后手術器械等等的清洗滅菌都是必須進行的步驟。內鏡檢查如今已經是消化系統病癥進行診治的必不可少的手段，使用相關器械需要侵入人體，因而為了避免交叉感染器械用后需要進行徹底的清洗消毒。內窺鏡室設有患者候診室、診斷室、清洗消毒室、內窺鏡儲藏室，內鏡清洗工作站設于儲藏室，清洗后置于內鏡儲鏡柜。

       內鏡清洗工作站清洗工序一般分為沖洗、酶洗、超聲波清洗、漂洗、終末漂洗這幾個步驟，清洗過程中要求工作人員應穿戴必要的防護用品以防感染及消毒劑傷害，《內窺鏡清洗消毒技術標準》的有關規定要求日常診斷和治療開始之前，當天使用的消毒內鏡必須再次消毒20min以上，在使用后經清洗和干燥的內鏡可用于患者的診斷和治療。多個清洗消毒的步驟都需依靠內鏡清洗工作站，清洗徹底是保證消毒和滅菌成功的關鍵。

       采用內鏡清洗工作站進行器械清潔消毒，不同系統用軟式內鏡的清洗槽、內鏡自動清洗消毒機應分開設置和使用。常見的不論是呼吸系統還是消化系統用內鏡，清洗過程都會有殘留細菌的污染，而不同系統的內鏡污染的細菌種類不同自然對常用消毒劑抵抗力也不同，一旦交叉污染可能會造成感染。其后內鏡清洗工作站用用于干燥內鏡、按鈕和閥門等設備的干燥臺鋪設的無菌巾，重點注意為保持無菌狀態需4小時更換一次，減少和避免高水平消毒后對內鏡造成二次污染，且無菌巾在使用中不可避免會出現潮濕，潮濕會加快細菌滋生，因此如潮濕比較嚴重不到4小時也要更換。