充分清洗是醫療器械再處理過程中消毒和滅菌前的無比重要的一環，而“洗”是“消”的根本。在患者的內鏡檢查中患者候診室、診斷室、內鏡清洗工作站、內窺鏡儲藏室設置在內窺鏡室，以便于保證內鏡的清潔程度及預清洗、清洗消毒處理，其中消毒劑的正確使用是保證清洗潔凈程度的保證，清洗劑類型或者濃度選擇使用不當會影響后期內鏡消毒的質量，造成嚴重后果。內鏡清洗工作站所使用的各種清洗劑，有酶類、堿類和酸類幾種。

       內鏡清洗工作站采用酶類清洗劑，可以快速清除醫療器械上的污染物，能抗物理、化學吸附、抗靜電抗沉淀，而這類清潔劑還分為單酶和多酶，這是其在化學原理上的結構區分，單酶清洗劑只含有一種酶，能分解蛋白污物，而多酶清洗劑可能含糖酶、蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶等，對于醫療器械來說能起到清洗和酶解雙重作用且不會造成傷害，無腐蝕性。然而在清洗使用中酶的作用效果受其品牌、種類、水溫、濃度和更換時間的影響，所以酶類清洗劑應該現配現用，稀釋后即使不用時間長了也要更換。

       還有堿性清洗劑，凡pH ≥ 7.5的堿性清洗劑都會油脂類污染有較強的去除能力，對金屬腐蝕性小，然而這類清洗劑用在內鏡清洗工作站比較少，因為堿性物質會對軟式內鏡精密部分造成侵蝕導致硬化，影響使用壽命。但是對于其它如骨科、腹腔手術和產科手術等含有大量脂肪污染的器械清洗中有良好的作用。因此內鏡清洗工作站用清洗劑以酶類為多，同時會聯合除銹劑提高清洗合格率。所謂除銹劑就是我們上面說的酸性清洗劑，pH 值≤ 6.5，對銹漬和水垢有較好的溶解去除作用。酸性清洗劑是通過氧化還原原理與銹漬和水垢產生化學反應，使污物變成溶入水的物質，不會對器械本身產生損傷和腐蝕，酶類清洗劑與酸性清洗劑共同使用可使內鏡清洗合格率達到98％。