內鏡自動清洗消毒機已成為大多數內窺鏡檢查裝置的重要組成部分，因為它們增加了儀器清洗效率并減少了工作人員與消毒劑的接觸。內鏡自動清洗消毒機安全、可靠，并且能夠應對內窺鏡設計和清洗量。提供多種不同設計的內窺鏡清洗器/消毒器。它們不需要手動清潔插入管、抽吸/活檢通道、儀器和閥門凹槽，有以下幾個優點：

它們可確保對所有通道進行完全沖洗——即活檢、抽吸、空氣、水、輔助水、CO 2，盡管目前市場上銷售的大多數機器無法沖洗十二指腸鏡上的橋架提升通道。

與手動處理相比，它們提供了更可靠和可重復的去污程序，并且對內窺鏡檢查人員來說更方便。

它們減少了眼睛、皮膚和呼吸道接觸消毒劑的可能性。

但內鏡自動清洗消毒機也有一些缺點：

需要定期維護以確保罐、管道、過濾器、過濾器和其他機器部件沒有沉積物、生物膜和水垢。

處理過的內窺鏡可能會在循環的沖洗階段再次受到機器或供水的污染。衛生部門建議對機器進行會前消毒，其中應包括所有流體通路。其他革蘭氏陰性菌和非典型分枝桿菌已經從機器和漂洗水分離。這些有時會導致感染和“假性感染”。

手動清潔內窺鏡仍然是自動清潔和消毒的必要先決條件。

如果沒有采取措施來容納或提取刺激性蒸氣，則當從機器的隔間中泵出或排出流體時，由于含有消毒劑的空氣的置換，大氣水平可能會增加。

機器、排氣通風和水處理系統的購買、安裝和維護成本很高。

由于清潔溶液或沖洗廢物的殘留，可能會導致消毒劑過度稀釋，隨后效力降低。

如果重復使用沖洗水，會導致消毒劑積聚。這可能會將有毒殘留物轉移到內窺鏡上并刺激患者的粘膜或內窺鏡醫師的眼睛，漂洗水建議不要重復使用。