以下分類用于內窺鏡檢查中使用的工具的消毒級別。

首先，檢查完成后，將攝像頭帶到內鏡清洗工作站的水槽中進行清潔和消毒。

接下來，一邊流水一邊用酶清潔劑和海綿仔細清洗表面的污垢。

接著，用特殊的刷子清洗鑷子開口（在進行活檢等時插入處理器具的開口）和抽吸口的內部，以去除粘液等的粘附。

接下來，將攝像頭放在專門設計的清潔和消毒機中，并在之前刷過的部分連接一個特殊的管子。

一種特殊的清洗劑和消毒劑在本機內循環，通過清洗劑和消毒劑在鏡體內外高壓流動，對鏡體進行清洗和消毒。然后用大量的水沖洗示波器的內部和外部。之后，通過輸送空氣將水從內窺鏡內部排出。此外，為了干燥內窺鏡內部，在專用消毒機的鉗口中注入酒精以去除水分。

正常的清潔和消毒過程會因水壓等因素而異，但通常需要 20 分鐘左右。在重復使用活檢鉗（用于收集部分組織的工具）等治療工具時，需要仔細清洗外部，然后進行超聲波清潔和消毒。一些醫院也會使用一次性活檢鉗。

此外，在獲得消化內鏡學會認可的指導設施中，必須制定符合每個設施現狀的清潔和消毒手冊。